Les procédures de désignation des sites Natura 2000 marins ont été lancées en 2007 par les préfets.
A ce jour, plus de 257 sites ont été désignés en France :
- 184 sites mixtes terre/mer,
- 73 sites uniquement marins.
Ces sites couvrent 35,7 % de la surface marine de la zone économique exclusive française, soit 13 261 016 hectares.