Tous les projets, programmes ou manifestations susceptibles d'affecter les sites Natura 2000 doivent faire l'objet d'une évaluation des incidences (qu'ils relèvent ou non déjà d'un encadrement administratif). Il s'agit de prévenir d'éventuels dommages causés à ces sites.
Les activités soumises à évaluation des incidences sont listées dans deux listes : une liste nationale et une liste locale, établie au cas par cas par le préfet. L'évaluation des incidences d'une activité sur un site Natura 2000 est réalisée au regard des objectifs de conservation décrits dans le DOCOB de ce site.
Le document d'évaluation des incidences comporte notamment une description de l'activité, une analyse de ses effets notables sur le site, une présentation des mesures destinées à supprimer ou réduire ces effets ainsi que des mesures prévues pour compenser ces effets. La compétence technique pour se prononcer sur les évaluations des incidences est détenue par les services de la DREAL (Direction Régionale de l'Environnement, de l'Aménagement et du Logement), sous l'autorité du préfet.
Analyses de risques pêche
Les activités de pêche professionnelle sont dispensées d'évaluation d'incidences dès lors qu'elles font l'objet d'une analyse de risque de porter atteinte aux objectifs de conservation du site Natura 2000 (article L.414-4 du code de l'environnement).
Si un risque de porter atteinte aux objectifs de conservation du site est identifié à l'issue de l'analyses, les activités de pêche concernées doivent faire l'objet de mesures réglementaires afin de réduire la pression de l'activité sur l'habitat ou l'espèce concerné.
Cette analyse est menée selon un cadre méthodologique national garantissant la réalisation d’analyses homogène à l'échelle du réseau Natura 2000 et une cohérence entre les mesures de gestion.