La mise en place d'un site Natura 2000 en mer passe par les étapes suivantes :
- Désignation du site
La désignation des sites Natura 2000 marins s'est faite à partir de 2007 sur des critères scientifiques : un certain nombre d’espèces et d’habitats doivent être représentés de façon significative au sein du réseau.
- Désignation du Comité de Pilotage (COPIL) du site et de l’opérateur
Le COPIL est un organe de concertation présidé par le préfet maritime au sein duquel sont représentés les services de l’état, les collectivités territoriales, des organismes experts, les usagers, les associations etc. Le rôle du comité de pilotage est de définir les mesures de gestion qui concourent au maintien ou à l’amélioration de l’état de conservation du site, puis de suivre leur mise en œuvre. Ces mesures sont détaillées dans le Document d’Objectifs (DOCOB).
Le COPIL désigne une structure opératrice dont la mission est d’assurer l’animation du processus de concertation, d’assurer la communication et de monter les dossiers, en particulier le DOCOB. Pour le site Plateau du Four, c'est le COREPEM (Comité Régional des Pêches Maritimes) qui a été désigné comme opérateur.
- Elaboration du Documents d'Objectifs (DOCOB) du site
Le DOCOB est à la fois un document de diagnostic et un document d’orientation pour la gestion du site : il fixe les objectifs de développement durable et détaille les mesures de gestion qui permettront de remplir ces objectifs. Les mesures de gestion peuvent être de nature variée (contractuelle, administrative, règlementaire), ce sont les usagers eux-mêmes qui doivent être force de proposition. Le DOCOB est rédigé par l’opérateur, en concertation avec les membres du COPIL. Il doit être validé in fine par le COPIL et le préfet maritime.